Le pavillon jaune de quarantaine est universellement connu (lettre Q dans l’alphabet international des pavillons). Après l’institution de la quarantaine dans les ports méditerranéens au cours du XIV^e siècle, il n’y a apparemment pas eu, pendant des siècles, de pavillon de quarantaine proprement dit, ni un quelconque autre signal.

Jusqu’ici, il n’a pas été possible de préciser quand et où un pavillon de quarantaine a été utilisé pour la première fois dans le monde. Rupp, qui en 1975 est le premier dans la littérature navale allemande à traiter du pavillon de quarantaine mentionne également cette lacune. C’est seulement au XVIII^e siècle que l’on trouve les premières informations sur l’utilisation des pavillons à signaux indiquant une quarantaine. Mais à cette époque, on utilisait également des signaux pour indiquer l’absence à bord de maladies contagieuses. La première mention que nous connaissons est due à Henningen qui écrit : "On trouve dans les sources danoises des indications selon lesquelles lors de la grande peste de 1710 à 1711, les navires se trouvant en quarantaine devaient arborer un pavillon blanc". Cet auteur précise en outre que le signal de quarantaine devait être arboré comme pavillon de beaupré lorsque le bâtiment se trouvait en quarantaine comme ce fut le cas du PRINS CARL suédois à Cadix en 1751, en route vers les Indes-Orientales. Mais d’autre part, ce pavillon fut également hissé au beaupré pour indiquer l’absence de maladies contagieuses à bord comme ce fut le cas du navire suédois KONGEN AF DANMARK au Cap en 1799, en route pour la Chine. Il semble également que la corvette danoise GALATHEE ait arboré en 1846 un pavillon blanc en rade de Hawaï pour signaler que tout était normal à bord du point de vue sanitaire.

Le même pavillon blanc signifiait alors deux choses contradictoires soit la quarantaine soit l’absence de maladies contagieuses à bord.

Un extrait du rapport sanitaire du port de Marseille en 1730, bureau de la Santé nous montre les règles qu’on y observe pour la quarantaine, avec un souci du détail qui n’aurait fait rougir en rien notre corps médical actuel : tout y est écrit, chaque membre de chacun des corps de métiers concernés ont leur rôle bien défini, mais on n’y parle pas de pavillon de quarantaine.

Les bâtiments passent tous par l’île de Pommègue située à cinq milles de Marseille et peut contenir trente-cinq bâtiments au mouillage. C’est au Frioul ou Galiane que l’on envoie alors les bâtiments contaminés. Tous les autres peuvent alors accéder au port de Marseille sous réserve de mouiller à nouveau sous les murs de la Citadelle Saint-Nicolas pour y vérifier leur patente. Par contre les petits bateaux qui font la navette avec les navires suspects ou en quarantaine arborent à leur antenne une flamme rouge.

En Grande Bretagne, les signaux de quarantaine ont été introduits au 18ème siècle. Mullet écrit qu’à dater du premier janvier 1789, tout navire en quarantaine au large des côtes britanniques, devait arborer un signal déterminé. De jour, il s’agissait d’un grand pavillon jaune et de nuit d’un feu hissé à la pointe du grand mât. L’inobservation de cette prescription était sanctionnée par une amende de 200 livres.

L’origine de la couleur jaune, d’après Fergusson, semble venir du Moyen-Age : les hérétiques devaient en effet porter des vêtements jaunes et cette couleur était considérée comme le symbole de la lumière de l’enfer, de celui de la trahison, de la jalousie et de la fausseté. Bref c’était une couleur négative.

Dans cette signification, elle apparaît au 19ème siècle sous la forme du " Yellow admiral ". Ce terme désignait les capitaines de vaisseaux surnuméraires ou âgés, qui peu de temps avant leur retraite, avaient été nommés contre-amiral, sans avoir jamais hissé leur marque de commandement sur l’un des bâtiments des escadres rouge, blanche ou bleue. Il semble que le nom de "Yellow jack" donné à la fièvre jaune par les marins britanniques aille dans ce sens. Il reste à signaler que pendant les grandes épidémies de peste, il était courant de marquer d’une croix jaune les murs des maisons infectées et d’obliger leurs habitants à porter des vêtements de couleur jaune.

Une ordonnance anglaise de 1799 précise les dimensions du pavillon de quarantaine, à savoir "6 breadths of bunting", ce qui signifie 6 fois les dimensions du pavillon ordinaire. La London Gazette du 6 avril 1805 publie une ordonnance qui contient des indications précises sur le mouillage de quarantaine, délimité par des bouées jaunes avec un pavillon jaune. En revanche, l’ordonnance du 10 octobre 1806 prescrit un signal jaune et noir de 8 fois le pavillon normal : "8 breadths of bunting yellow and black flag".

En 1832, le Nautical Magazine publie un décret dans ce sens, pavillon jaune et noir par quartiers alternés et mesurant 8 fois la largeur du pavillon ordinaire pour tous les navires en quarantaine sur les côtes de Grande-Bretagne. Ce signal devait être hissé à la pointe du grand-mât. Pour les navires dépourvus d’un certificat de santé, ils devaient arborer de jour un grand pavillon jaune avec une marque circulaire en noir ou un rond entièrement noir placé en son centre. Ce pavillon était de 2 fois la largeur d’un pavillon ordinaire.

En Allemagne, à Hambourg, c’est en 1825 qu’apparaît pour la première fois l’utilisation du pavillon de quarantaine à la suite d’un rapport établi par le chef des pilotes du port du nom de Janssen. On a néanmoins longtemps hésité pour donner la préférence à la couleur verte ou jaune clair. On précisait en effet que ces deux pavillons unicolores excluraient le risque d’être confondus avec les pavillons nationaux. Ainsi le pavillon vert s’est maintenu pendant longtemps à Hambourg comme signal de quarantaine. Ce n’est qu’en 1856 qu’une ordonnance mentionne aussi le pavillon jaune : " Tous les navires soumis à une visite de quarantaine peuvent remonter l’Elbe et y mouiller sous pavillon de quarantaine. Celui-ci est constitué par un pavillon vert de deux aunes au carré, hissé au mât de misaine. Les navires ne disposant pas de ce pavillon, doivent arborer un pavillon jaune ou le pavillon national".

Dans l’ordonnance sur le contrôle sanitaire des navires du port de Hambourg en 1883, il n’est plus question que du pavillon jaune. On s’y est donc associé à l’usage international. Le Danemark en fera de même en 1887 par un avis publié le 20 juin, recommandant aux navires danois d’utiliser un pavillon jaune.

En conclusion, le principe de la quarantaine remonte à plus de 270 ans. Depuis 1887, le pavillon jaune est devenu le signal distinctif de la quarantaine et c’est sans doute à la même époque que l’on a renoncé à un signe pour les navires ne s’y trouvant pas. Aujourd’hui, le pavillon Q figure dans le code international des signaux. Arboré seul il signifie : "Mon navire est indemne et je demande la libre pratique". En fait, il est principalement utilisé pour demander la visite des fonctionnaires des douanes, mais cette utilisation varie selon les pays.

En Angleterre, par exemple, tout navire en provenance de l’étranger doit arborer le pavillon Q dans les barres de flèches bâbord et attendre la visite des douaniers qui s’occupent également de l’immigration et de la santé. En principe l’équipage ne doit pas débarquer avant cette visite. Après quoi, un formulaire est délivré sur lequel sont mentionnés les états civils des membres de l’équipage ainsi que la liste des articles réglementés, tabac et alcools en particulier.

En France les choses sont plus simples. Seuls les navires en provenance de l’étranger et qui transportent des marchandises à déclarer doivent arborer le pavillon Q.

L’absence de ce pavillon signifie qu’à bord "tout est clair".